Após o ataque da Alemanha nazista à União Soviética, em 1941, porém, Joseph Stalin percebeu que poderia usar a Igreja Ortodoxa para reforçar o nacionalismo em tempos de guerra. Em 1957, cerca de 22.000 igrejas ortodoxas russas haviam se tornado ativas. As campanhas associavam a imagem do próprio Stalin como se fosse um santo piedoso, estimulando uma verdadeira idolatria em torno de sua imagem.
Em 1959, Nikita Khrushchev iniciou sua própria campanha contra a Igreja Ortodoxa Russa, forçando o fechamento de cerca de 12.000 igrejas. Em 1985, menos de 7.000 igrejas permaneceram ativas. Membros da hierarquia da igreja foram presos ou forçados a sair, seus lugares ocupados por clérigos dóceis, muitos dos quais tinham laços com a KGB.
As campanhas contra outras religiões estavam intimamente associadas a nacionalidades específicas, especialmente se reconhecessem uma autoridade religiosa estrangeira como o Papa. Em 1926, a Igreja Católica Romana não tinha mais bispos na União Soviética e, em 1941, apenas duas das quase 1.200 igrejas que existiam em 1917, principalmente na Lituânia, ainda estavam ativas.
A Igreja Católica Ucraniana (Uniate), ligada ao nacionalismo ucraniano, foi subordinada à força em 1946 à Igreja Ortodoxa Russa, e as Igrejas Ortodoxas Autocefálicas da Bielorrússia e da Ucrânia foram suprimidas duas vezes, no final da década de 1920 e novamente em 1944.
Antissemitismo
Os ataques ao judaísmo foram endêmicos durante todo o período soviético, e a prática organizada do judaísmo tornou-se quase impossível. Denominações protestantes e outras seitas também foram perseguidas. O Conselho de todos os sindicatos de batistas cristãos evangélicos, estabelecido pelo governo em 1944, normalmente era forçado a limitar suas atividades ao estreito ato de adoração e negava a maioria das oportunidades de ensino e publicação religiosa. Receoso de um movimento pan-islâmico, o regime soviético suprimiu sistematicamente o Islã pela força, até 1941.
De acordo com documentos históricos, a invasão nazista da União Soviética naquele ano levou o governo a adotar uma política de tolerância oficial ao Islã, enquanto incentivava ativamente o ateísmo entre os muçulmanos.