A maior parte da população marrana estava concentrada nas províncias do Norte do Brasil. Os livros de atas do Conselho de S. Paulo e os relatórios do inspetor da Inquisição portuguesa na Bahia de 1591-93 revelam que os marranos também residiam nas comunidades sulinas do Rio de Janeiro, S. Vicente e São Paulo. A Inquisição de Lisboa jamais enviou um visitador a S. Vicente ou a S. Paulo. Os jesuítas dessas localidades defendiam os cristãos-novos contra tais inquéritos malgrado os conflitos de daí resultavam.
Em 1627 chegava ao Rio de Janeiro, um visitador que nomeou um representante do Tesouro, encarregando-o de arrecadar a propriedade das pessoas eventualmente possíveis prisioneiros do Santo Ofício. Nada encontramos que pudesse indicar estar ele empenhado em qualquer outra atividade que não essa.
Os relatórios da época acusam um único caso de perseguição e julgamento de judeu brasileiro. A 10 de janeiro de 1628, Isabel Mendes, mulher de Luis Peres, de Viana (Portugal), meio cristã-nova residente no Rio de Janeiro, foi detida e enviada a Lisboa para fins de julgamento. Ficou seis anos no cárcere, enquanto se examinava o seu caso. Num auto-de-fé realizado em Lisboa a dois de abril de 1634, caminhou na procissão, segurando na mão uma vela acesa. Obrigada a abjurar do judaísmo de vehementi foi condenada a cárcere a arbítrio.
Em 1633, num decreto real promulgado em Portugal proibia aos membros da Nação Hebraica o desempenho de cargos públicos de qualquer espécie. Essa medida foi automaticamente aplicada nas regiões do Brasil não ocupadas pelos holandeses.
A 28 de janeiro de 1643, Gaspar Gomes, ¼ descendente de judeus, sapateiro e soldado residente na Bahia, foi detido nessa cidade como judaizante e entregue à Inquisição de Lisboa. OS relatórios do seu processo acusam-no de aderente à Lei de Moisés, tanto na fé como na prática, e de observar os sábado, bem como envergar seus melhores trajes e roupas de interior bem limpas naquele dia. Foi, além disso, acusado de jejuar nas quintas-feiras, e de abster-se de carne de porco e de coelho. Embora fossem empregadas as torturas habituais, o réu se recusou a confessar ou pedir perdão e misericórdia.
Foi sentenciado a aparecer no auto-de-fé de 10 de julho de 1644, declarado culpado e condenado à morte na fogueira – convicto, falso, ficto. No mesmo auto-de-fé compareceram Manoel de Mattos e Manoel da Silva, dois judaizantes da Bahia. Foram sentenciados a cárcere e habito perpétuo.
Pedro de Almeida, também chamado Izak de Almeida, da Paraíba, que compareceu ao auto-de-fé de 10 de junho de 1650, foi condenado a uma breve prisão. Detiveram-no a 10 de janeiro de 1649, em um navio ao largo de Pernambuco.
